Malan lämnade regeringen i protest år 1933 sedan Hertzog av politiska skäl valt att slå ihop Nationalistpartiet med Sydafrikanska partiet, som stod britterna nära, till ett gemensamt regeringsparti, Förenade partiet. Sedan sammanslagningen genomförts 1934 valde Malan och andra missnöjda partimedlemmar att lämna både parlamentet och regeringspartiet, och grunda ett nytt oppositionsparti kallat Renade Nationalistpartiet, Gesuiwerde Nasionale Party, med 17 övriga ledamöter bakom sig. I och med sammanslagningen blev GNP det officiella oppositionspartiet. År 1937 ingick detta parti i en valallians med de sydafrikanska fascisterna, de s.k. gråskjortorna, och utökade sin representation i parlamentet i valet 1938 till 27 mandat.[2] Vändpunkten kom sedan Hertzog 1939 tvingats bort från premiärministerposten för sin ovillighet att låta Sydafrika för britternas räkning gå i krig med Nazityskland. Besviken över utvecklingen gick denne, och andra boernationalister i regeringen, genom en rad misslyckade nybildningar över till Malans parti, som döptes om till Återförenade Nationalistpartiet, Herenigde Nasionale Party. Efter andra världskrigets krisår hade nationalisterna växt sig starka nog att i valet 1948 besegra Förenade partiet i koalition med det mindre Afrikaner Party och ersätta den långvarige premiärministern Jan Smuts. Malan kunde efter valet bilda en majoritetsregering med det stöd av Afrikaanerpartiets Nicolaas Havenga, med Havenga som finansminister, och de två partierna gick officiellt samman år 1951 och antog det nygamla namnet Nationalistpartiet, NP. Koalitionen UP och Labour hade även i 1948 års val fler röster, men missgynnades av röstkoncentration och större valkretsar i städerna, medan afrikaaneroppositionen dominerade landsbygden.
Som premiärminister och utrikesminister fram till sin pension 1954 genomdrev Malan ett boernationalistiskt och rassegregationistiskt program som syftade till att åtskilja landets olika befolkningsgrupper samt stärka afrikandernas sociala och ekonomiska ställning inom det vita samfundet. Motståndet mot rasåtskillnadsprogrammet (apartheid) kulminerade i hans beslut 1952 att upplösa landets högsta domstol och överföra dess befogenheter till det av nationalisterna dominerade parlamentet. Hans försök att avskaffa färgade sydafrikaners rösträtt i Kapprovinsen ledde till en konstitutionell kris, som kunde lösas först av efterträdaren Strijdom 1958, då färgade överfördes till en separat vallängd med egna representanter. Motsvarande reform för svarta som annorstädes uppfyllde rösträttskraven hade genomförts 1936, under regeringen Smuts. Dessa särskilda platser avskaffades slutligen 1970.
Malan avgick år 1954, 81 år gammal, sedan hans hustru blivit dödligt sjuk och efterträddes mot sin vilja som partiledare och regeringschef av sin jordbruksminister, den tidigare nazistsympatisörenJohannes Strijdom.[3] Till trots sin roll som vattendelare i sydafrikansk historia hade Malan föredragit Havenga som efterträdare då denne uppfattats som mer försåtlig och regeringsvan, vilket emellertid föll på NP-medlemmarnas dövöra. Efter Hendrik Verwoerds tillträde som premiärminister 1958 förråades den politiska polariseringen och relationerna mellan landets folkgrupper ytterligare, vilket ledde till landets isolering under 1960-talet. Malan fostrade också goda relationer med Israel, som utropats samma år som hans tillträde, vilka skulle bestå.
Apartheidlagar stiftade under Malans mandatperiod
Apartheidsystemet vilade på officiell rasdiskriminering och lagar som koncentrerade den politiska makten i nationalisternas händer. Nedan exempel på sådana lagar lät Daniel Malans nationalistregering driva igenom under åren som följde på regeringsbildningen 1948.
Prohibition of Mixed Marriages Act1949 - förbud mot äktenskap över rasgränserna.
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}