Copa Colombia 2013 var den elfte säsongen av den colombianska fotbollsturneringen Copa Colombia, som spelas mellan lag i den högsta och näst högsta serien i landet. Turneringen spelades mellan den 13 februari 2013 och 17 november 2013. Atlético Nacional vann turneringen för andra året i rad och kvalificerades därmed för Copa Sudamericana 2014. Turneringen bestod av en gruppspelsomgång med 6 grupper à 6 lag i varje grupp, där de två bästa i varje grupp gick vidare till slutspel tillsammans med de fyra bästa tredjeplacerade lagen.
Första omgången
Slutspel