Till skillnad från de tidigare spelen spelar flottor en lika stor roll som landbaserade arméer. Detta genom att de flesta byggnader går att bygga både på land och på vatten och flera fordon är amfibiska.
Fraktioner
I Red Alert 3 kan spelaren välja mellan tre olika fraktioner: De allierade, Sovjetunionen och Empire of the Rising Sun (Japan).
Resan lyckas och Einstein är raderad ifrån historien. De allierade är kraftigt försvagade och Sovjetunionen blomstrar. Men någonting gick snett. Samtidigt som de allierade har förlorat vissa teknologier har detsamma hänt Sovjet också. Dessutom har ett nytt hot i öster vuxit fram: det tekniskt avancerade Empire of the Rising Sun (Japan). Enligt den gamla tidslinjen gick Japan under via kapitulation efter att de allierade hade släppt två atombomber över Hiroshima och Nagasaki, men det hände dock aldrig efter den nya tidslinjen som hade skapats eftersom kärnvapen aldrig uppfanns. Förändra det förflutna med tidsresor kan ledda till många oförutsägbara resultat.
Nu stundar ett nytt världskrig med tre parter som alla vill ta kontroll över jorden.
President Howard T. Ackerman - USA:s president, spelas av J.K. Simmons.
Special Agent Tanya - Förekommer även i Red Alert och Red Alert 2 är också på de officiella "fraktionernas" sida för att återvända i detta spel. Hon har ett nytt vapen som kallas "Chrono Belt" som teleporterar henne fem sekunder i det förflutna. Spelas av Jenny McCarthy.
Löjtnant Eva McKenna - Informatör, spelas av Gemma Atkinson. [UR]
Commander Warren Fuller - Befälhavare, spelas av Randy Couture, tungviktsmästare i UFC.
Commander Lisette Hanley - Befälhavare, spelas av Autumn Reeser.
Commander Giles Price - Befälhavare, spelas av Greg Ellis. [UR]
Empire of the Rising Sun
Kejsare Yoshiro - Kejsare av Empire of the Rising Sun. Spelas av George Takei.
Suki Toyama - Japansk officer som meddelar spelaren, spelas av Kelly Hu.
Kronprins Tatsu - Imperiets kronprins och son till kejsare Yoshiro. Spelas av Ron Yuan. [UR]
Yuriko Omega - En japansk kommandosoldat med psykiska förmågor. Röst av Lisa Tamashiro.
Commander Shinzo Nagama - Befälhavare, spelas av Bruce Asato Locke. [UR]
Commander Kenji Tenzai - Befälhavare, spelas av Jack J. Yang. [UR]
Commander Naomi Shirada - Befälhavare, spelas av Lydia Look.
Sovjetunionen
Premiärminister Cherdenko - Politisk ledare, som efterträder efter premiärminister Romanov. Premiärmnistern åker tillsammans med vetenskapsmannen och generalen i det förflutna och skakar hand med Einstein som gör att han försvinner från tidslinjen (samma sak hände med Adolf Hitler i det första spelet). Spelas av Tim Curry.
Dr. Gregor Zelinsky - Ansvarig för tidsmaskinen som de använder i sitt uppdrag att undanröja Einstein. Spelas av Peter Stormare.
General Nikolai Krukov - General och Cherdenkos kollega. Spelas av Andrew Divoff.
Commander Nikolai Moskvin - Befälhavare, spelas av Gene Farber. [UR]
Dasha Fedorovich - Informatör, spelas av Ivana Miličević. [UR]
[UR] = betyder att denna rollfigur medverkar även i Command & Conquer: Red Alert 3: Uprising.
Beta
Den 24 juli 2008 fick de som köpt Command & Conquer 3: Kane's Wrath och registrerat en betanyckel ett mail från EA där det stod att de skulle få ta del av betan någon gång under sena juli/tidiga augusti.
Funktion
Spelet har en funktion som låter spelet sluta fungera efter ha installerat Red Alert 3 fem gånger. Den skyddats mot kopiering av programvaran SecuROM.[2]
Command & Conquer Red Alert 3: Uprising är en uppföljare till Red Alert 3. Bland nyheter finns möjlighet till 30 nya kartor att spela i spelläget skirmish och Commander's Challenge baserad på General's Challenge i Command & Conquer: Zero Hour. Spelet utspelas efter slutet i de allierades kampanj. Spelet släpptes under mars2009. Uprising har 4 olika kampanjlägen och släpptes endast för nedladdning. I den fjärde kampanjen styr man Yuriko Omega som ska fly ur ett fängelse.