Skeppet avseglade från Portsmouth, England, 21 december1872, under kapten George Nares.[1] Wyville Thomson bestämde själv färden, och skeppet reste ungefär 68 890 nautiska mil (cirka 127 580 km) under åren. Resultaten publicerades i Report Of The Scientific Results of the Exploring Voyage of H.M.S. Challenger during the years 1873–76, vilken, tillsammans med andra upptäckter, redovisade och katalogiserade 4717 dittills okända djurarter. John Murray, som översåg publikationen, beskrev rapporten som ”det största framsteget för vetenskapen på vår planet sedan de hyllade upptäckterna från 1400- och 1500-talen.”