Företaget grundades 1941 som en korvkiosk i Los Angeles i Kalifornien av Carl och Margaret Karcher. Fyra år senare öppnade de sin första restaurang med namnet Carl's Drive-in Barbecue och låg i Anaheim. 1956 grundades Carl's Jr. officiellt när två till restauranger öppnades, ena i Anaheim och den andra i Brea.[4] Tio år senare grundade Carl Karcher ett förvaltningsbolag med namnet Carl Karcher Enterprises (CKE) i syfte att ta tillvara hans affärsintressen. Carl's Jr. blev samtidigt fusionerad med CKE.[5]