Klubben var med och grundade Lancashire League 1889 innan de 1894 gick med i The Football LeaguesSecond Division, som de vann vid första försöket. De höll sig kvar i högstadivisionen First Division till 1912 och vann under denna period även FA-cupen två gånger. 1900 besegrades Southampton i finalen med 4–0 och tre år senare vann de med 6–0 mot Derby County, vilket är den största segermarginalen någonsin i en FA-cupfinal.
1923 blev Bury åter uppflyttade till högsta divisionen och nådde säsongen 1925/26 sin bästa placering med en fjärdeplats. Tre år senare blev de dock nedflyttade igen och har därefter aldrig spelat i den högsta divisionen. I modern tid har de för det mesta hört till de två lägsta divisionerna i The Football League, numera kallad English Football League (EFL).
2019 - ekonomisk kris
I augusti 2019 fick Bury sina fem första ligamatcher i EFL League One uppskjutna av ligan på grund av stora ekonomiska problem och osäkerhet om ägaren hade den finansiella förmågan att driva klubben. Ägaren gavs möjligheten att genomföra en försäljning av klubben annars skulle den uteslutas ur ligan.[1] Den 27 augusti 2019, släppte EFL ett meddelande om att Burys medlemskap i ligan hade dragits in.[2] Bury, som varit medlem av ligan i 125 år, är den första klubben som sparkats ur ligan sedan Maidstone United FC 1992.[3]