Ursprungligen byggdes kyrkan (långhus, kor, absid) på 1100-talet, medan kyrktornet är från sent 1100-tal. Allt är byggt med huggen kalksten (flis) från bygden.[2] Antagligen så är det släkten Due, en gammal dansk adelssläkt som byggde kyrkan då de är de första kända ägarna av Bollerup. Vilhelm Due kom till Bollerup redan 1130 och var då ägaren till gården.[3]Dopfunten härstammar från omkring 1200. Valv slogs på 1400-talet.
Fru Barbara Brahe
Donatorer, årtal och bakgrund är kända för kyrkan men inte deras mästare. Kyrkans två donatorer hette fru Barbara Brahe och hennes son Oluf Stigsen Krogenos, från en av Danmarks rikaste och mäktigaste ätter. År 1476 berikade de kyrkan med tak, klocka, målningar och mässböcker. På valvpilastern mot norr som då var kvinnosidan finns det en kalkmålning av fru Barbara Brahe och på södra sidan vilket då var männens sida står Oluf. Båda två står i helfigur, mellan dem håller de ett textband som följer valvbågen tvärs över kyrkan. Texten är på gammeldanska[4], och i moderniserad form lyder den: ”År efter Guds börd 1476 då lät välborna kvinnan fru Barbara Bahre och hennes son Olug Stigesen täcka hela denna kyrka på nytt och helga klockorna i tornet och måla kyrkan invändigt och köpte ny handbok och mässbok. BEDJEN FÖR OSS”.[5]
Fru Barbara gjorde år 1475 en pilgrimsresa tillsammans med Danmarks drottning Dorotea. På resan träffade fru Barbara påvenSixtus IV som gav henne då fördelen att de som förrättade gudstjänst i någon av hennes kyrkor fick sina synder förlåtna. Som tack och bekräftelse lät fru Barbara det målas märkliga målningar i bland annat Bollerups kyrka.[6] Målningarna föreställer bland annat Johannes döparen med änglar och döda som reser sig från graven. Helvetet avbildas med djävular som torterar syndare, inkluderat en kung. En annan målning visar de frälsta som välkomnas till Sankte Per himmelska slott.[1]
1740-1741 restaurerades delar av kyrkan, återigen med stöd av J.B och H.A Ratzau. Bland annat gjordes ny krona till predikstolen och nytt silver.
1869-1874 byggdes kyrkan ut med det nuvarande koret och dess korsarmar samt den absidformadesakristian. Denna utbyggnad skedde med stöd av T.L Sylvan.
1955-1965 restaurerades åter kyrkan, denna gång bland annat valvmålningar och läktare. Omkring 1970 förnyades inventarier såsom kormattan.[7]
Kyrkans design
Förr gick man in genom de södra och norra dörrarna på långhuset. Den södra var avsedd för männen och den norra dörren för kvinnorna. Det fanns heller inga möbler utom de stenbänkar längs väggarna där de gamla kunde vila. Övriga stod upp och lyssnade. Långhuset och tornet byggdes allra först.
Orgel
Tidigare fanns en orgel med tre stämmor av okänt ursprung.