Ahlfors utexaminerades från Polytekniska institutet i Helsingfors 1896 och studerade därefter vid tekniska högskolor i Berlin och Zürich. 1908 blev han professor i maskinbyggnad vid Tekniska högskolan i Helsingfors och var 1913–16 rektor där. Axel Ahlfors har bland annat författat Vattenturbiner (1930).