När bolsjevikerna kom till makten i oktober 1917 blev familjens situation mer utsatt, och de flyttades våren 1918 till Jekaterinburg där de fängslades i Ipatjevhuset, Nikolaj, Alexandra och Maria i mars och Olga, Tatjana, Anastasia och Alexej i maj. Bolsjevikernas kommissionär Filip Golotsjokin meddelade därefter att familjen var att betrakta som gisslan, och att alla kontrarevolutionära försök i staden skulle leda till att gisslan tillintetgjordes.[3]
Enligt den officiella versionen från den sovjetiska statsapparaten avrättades tsaren på grund av ett överliggande hot om att staden skulle intas av vita arméns styrkor i form av den tjeckoslovakiska legionen, vilket även stöds av Leon Trotskijs dagboksanteckningar.[4]
Kropparna togs sedan till Koptjakiskogen där de stympades.[5] Kvarlevorna hittades 1979 och 2007 i två omärkta gravar i en sänka kallad Griskultingsravinen (Поросёнков лог) nära byn Koptjaki, 15 kilometer norr om Jekaterinburg[6], och deras identitet bekräftades av DNA-analys. Kvarlevorna begravdes åter i Peter-Paulkatedralen i Sankt Petersburg 1998.
Efterspel
Trots att bolsjevikerna var medvetna om att hela familjen hade gått samma öde till mötes som tsar Nikolaj[7], bekräftade man endast tsarens död[8][9], och gick ut med ett officiellt pressmeddelande där det hävdades att Nikolaj Romanovs hustru och son hade flyttats till en säker plats. I flera år efter händelsen fortsatte det sovjetiska ledarskapet med sin desinformation gällande familjens öde.[10] I september 1919 hävdades det att de hade blivit mördade av anti-bolsjevikiska vänsterrevolutionärer och i april 1922 förnekades det helt och hållet att de ens var döda.[10]
Morden erkändes 1926 efter publiceringen av en utredning gjord av den vita emigranten Nikolaj Sokolov, men det hävdades samtidigt att kropparna var förstörda och att Lenins ministär inte hade haft något med saken att göra.[11] Det sovjetiska lederskapets rökridåer gällande familjen Romanovs öde spädde på rykten om överlevande[12] vilket ledde till att bedragare som låtsades vara någon ur Romanov-familjen avledde mycket av uppmärksamheten från Sovjetunionen.[10] Under Josef Stalins ledning undertrycktes alla offentliga diskussioner eller spekulationer om familjens öde från och med 1938.[13]
Boris Jeltsin, Rysslands president mellan 1991 och 1999, beskrev morden som "ett av de skamligaste kapitlen i Rysslands historia".[14][15]