Eguavoen startade sin tränarkarriär i Sliema Wanderers, där han avslutade sin aktiva karriär och förde laget till en andra plats i ligan 2000/2001. 2005 tog han över Nigerias landslag och var förbundskapten under två år. Han har även tränat sydafrikanska Black Leopards samt en rad olika klubbar i hemlandet Nigeria.