Schrötter blev 1845 professor i kemi och fysik vid Polytechnikum i Wien samt 1868 direktor för myntverket där. Han var generalsekreterare från 1850 till sin död vid Vetenskapsakademien i Wien, om vars inrättande han inlagt stor förtjänst. År 1857 blev han adlad. Schrötter är känd som upptäckaren av den amorfa fosforn.
Bibliografi (i urval)
Die Chemie nach ihrem gegenwärtigen Zustande (två band, 1847-49)
Beschreibung eines Verfahrens zur fabrikmäßigen Darstellung des amorphen Phosphors (1848)
Ueber einen neuen allotropischen Zustand des Phosphors (1849)
Ueber das Vorkommen des Ozons im Mineralreich (1860)