Bauer författade bland annat de bemärkta arbetena Lehrbuch des Naturrechts (1808; tredje upplagan 1825), Lehrbuch der Strafrechtswissenschaft (1827; andra upplagan 1833) och Die Warnungstheorie (1830), de bägge sistnämnda framställande en modifikation av Paul Johann Anselm von Feuerbachs avskräckningsteori.