Fletcher var en glödande skotsk patriot och engelskhatare samt hyllade rätt fantastiska republikanska idéer, vilka han utvecklade i en rad djärfva flygskrifter. Därjämte uppträdde han som livlig främjare av det bekanta Darienkompaniets misslyckade kolonisationsföretag. I de häftiga parlamentariska strider, som föregick avslutandet av den engelsk-skotska unionen 1707, spelade Fletcher en framträdande roll från 1703, då han ånyo fick säte i skotska parlamentet. Han påyrkade en mycket utsträckt folklig skotsk självstyrelse – bland annat ivrade han för egen skotsk diplomati – och ville göra kungen helt beroende av parlamentets beslut samt vid hans sida mellan parlamentssammanträdena sätta en med vidsträckta befogenheter utrustad, av parlamentet tillsatt delegation.
Då dessa förslag ej påaktades, yrkade han, att skotska parlamentet skulle besluta skilsmässa från England, att inträda efter drottning Annas död. Från 1705 avtog emellertid hans inflytande, och moderatare politiker trädde i förgrunden i det skotska parlamentet. I häftiga broschyrer bekämpade Fletcher det slutliga unionsförslaget. Efter dess antagande ägnade han sig mest på sitt gods Saltoun i East Lothian genom exempel och skrifter åt strävanden för det skotska jordbrukets upphjälpande. Fletchers Collected works utgavs 1737. "I sin lättrörda patriotism, sin temperamentfulla, antiunionella politik och sina världsförbättringsplaner företer han ej få likhetspunkter med Bj. Björnson", skriver Verner Söderberg i Nordisk familjebok.