Efter att ha spelat säsongen med Predators, flyttade han till det nyskapade laget Atlanta Thrashers och spelade två säsonger där innan han flyttade till Minnesota Wild under säsongen 2001–02. Han gjorde det avgörande målet mot Colorado Avalanche i suddendeath i sjunde matchen i Western Conference-kvartsfinalen den 22 april 2003. Brunette stannade med Wild fram till 2004 och tecknade ett kontrakt som en free-agent för Colorado Avalanche under lockoutsäsongen 2004-05.
Säsongen 2006-07 gjorde Brunette sin bästa säsong poängmässigt. Han gjorde 83 poäng på 82 matcher för Avalanche. Brunette gjorde även sin 500:e poäng i NHL i Avalanchetröjan den 26 oktober 2007.
Den 1 juli 2008 skrev Brunette återigen ett treårskontrakt med Minnesota Wild, värt $7 miljoner dollar. Han spelade tre säsonger för Wild mellan 2001 och 2004.
Brunette tecknade sedan ett kontrakt med Chicago Blackhawks 1 juli 2011, och gjorde sin sämsta säsong poängmässigt med låga 27 poäng på 78 matcher.
Den 13 februari 2013 meddelade Brunette att det är färdigspelat för honom, dels på grund av NHL-lockuten 2012, dels för sina skador som han dragit på sig under sin karriär. Det blev exakt 1 100 matcher i ligan och 733 poäng för Brunette.