Botjarov blev professionell med det franska stallet Besson Chaussures-Nippon Hodo 1999 och vann samma år den nionde etapp av Tour de l'Avenir. Året därpå fortsatte Botjarov till stallet Ag2r Prévoyance och tävlade med dem till och med 2003. Under sitt sista år med Ag2r Prévoyance slutade han trea på Paris–Nice andra etapp efter Davide Rebellin och Aleksandr Vinokurov. Under tidigare år med stallet slutade han tvåa på Tour Down Under och GP d'Ouverture 2002.
När säsongen 2004 startade kontrakterades Botjarov av det franska stallet Crédit Agricole och han tävlade med dem fram till och med säsongens slut 2008 när stallet lades ned. Därefter blev han kontrakterad av det ryska stallet Team Katusha, som blev ett UCI ProTour-stall inför säsongen 2009.
Med sitt nya stall Crédit Agricole slutade Botjarov trea på Route du Suds tredje etapp 2004. Året därpå slutade han tvåa på etapp 4 av Route du Sud och trea på etapp 2 av Sachsen Tour.
Under säsongen 2006 vann Botjarov tillsammans med sitt stall Crédit Agricole lagtempoloppet på Tour Méditerranéen. Ryssen slutade tvåa i tävlingens sammanställning efter fransmannen Cyril Dessel. Botjarov slutade också trea på etapp 4 av tävlingen efter Dessel och italienaren Rinaldo Nocentini. Han blev också tvåa på etapp 2 av Critérium du Dauphiné Libéré efter Ivan Basso.
Nästa säsong slutade Botjarov tvåa på uppvisningsloppet Ronde d'Aix-en-Provence efter italienaren Alessandro Petacchi. Han slutade också tvåa på etapp 6 av Critérium du Dauphiné Libéré efter kazaken Maksim Iglinskij.
Botjarov vann Tour Méditerranéen 2008, under tävlingen vann han också den tredje etappen. Under säsongen slutade han tvåa på etapp 3 av Katalonien runt efter fransmannen Pierrick Fédrigo. Ryssen slutade också trea på Tour du Haut-Var efter italienarna Davide Rebellin och Rinaldo Nocentini.