I München bearbetade han flera familjer för Carl Friedrich Philipp von Martius stora verk "Flora brasiliensis", utarbetade även flera andra systematiska arbeten, utförde växtfysiognomiska studier i Alperna med mera. Ett namn gjorde han sig dock först genom sitt grundläggande arbete Versuch einer Entwickelungsgeschichte der Pflanzenwelt, insbesondere der Florengebiete seit der Tertiärperiode (två band, 1879-82), i vilket han kombinerade växtpaleontologins resultat med växtgeografins. Sedermera utgav han ett stort antal avhandlingar, de flesta av systematiskt innehåll; att framhålla är hans bearbetning av Araceæ, Burseraceæ och Anacardiaceæ för Alphonse Pyrame de Candolles "Monographiæ phanerogamarum" (två band, 1879 och 1883). Tillsammans med Carl Prantl tog han 1888 initiativ till det omfångsrika systematiska verket Die natürlichen Pflanzenfamilien nebst ihren Gattungen und wichtigeren Arten, i vilket de olika familjerna bearbetades av ett stort antal av samtidens främsta botaniska forskare. Han utgav (tillsammans med Oscar Drude) Die Vegetation der Erde, Sammlung pflanzengeographischer Monographien (1896-1902) samt redigerade "Das Pflanzenreich, regni vegetabilis conspectus".
Englers grav i Berlins botaniska trädgård.
Från 1881 utgav Engler "Botanische Jahrbücher für Systematik, Pflanzengeschichte und Pflanzengeographie". Under senare år inriktade han sig även på bearbetandet av Afrikas flora, och dels av honom själv, dels på hans föranstaltande och med hans hjälp publicerades ett stort antal viktiga avhandlingar behandlande växtvärlden, särskilt inom Tysklands besittningar i Afrika, till exempel Die Pflanzenwelt Ost-Afrikas und der Nachbargebiete (tre band, 1895).
^läs online, bs.sejm.gov.pl .[källa från Wikidata]
^ [abc] Grundlagen zur 300jährigen Geschichte des Berliner Botanischen Gartens, 1, Englera, 1979, s. 1, 10.2307/3776744, läs online.[källa från Wikidata]
