Efter reformationen1536sekulariseradesBørglums kloster och drogs in till kronan – för att senare förlänas till adelsmän och präster. Samtidigt med sekulariseringen avskaffades Børglums stift, men det återupprättades igen 1554. Biskopen i det nyupprättade stiftet fick dock samma år sitt residens i Ålborg och inte i Børglum. Stiftet bytte därför så småningom namn till Ålborgs stift.