До 2008. веровало се да црни лемур има две подврсте,[2]Eulemur macaco macaco и Eulemur macaco flavifrons, међутим обе подврсте су 2008. признате као посебне врсте Eulemur macaco и Eulemur flavifrons.[2] Најзначајнија разлика између две врсте је боја очију; плавооки црни лемур (Eulemur flavifrons) има плаве очи и једини је примат поред човека који има плаве очи, док црни лемур (Eulemur macaco) има смеђе или наранџасте очи, али и чуперке на ушима, које плавооки црни лемур нема.[3][4]
Mittermeier, R. A.; et al. (2008). „Lemur Diversity in Madagascar”. International Journal of Primatology. 29: 1607—1656. doi:10.1007/s10764-008-9317-y.