Атлетико Насионал је основан 7. марта 1947. године под именом Клуб Атлетико Мунисипал де Медељин од стране Луиса Алберта Виљегаса Лопеса.[2] Према КОНМЕБОЛ-у, Атлетико Насионал је клуб са највећим бројем навијача у Колумбији.[3]
Атлетико Насионал своје домаће утакмице игра на стадиону Атанасио Хирардот, који има капацитет од 45.043 места. Они деле стадион са својим локалним ривалом, Индепендијенте Медељином. Ова два клуба се играју у дербију под називом Ел Класико Паиса, који се сматра једним од најважнијих дерби утакмица у земљи.[4] Атлетико Насионал такође има ривалство са Милионариосима које потиче из Копа либертадореса 1989.[5]
Клуб се сматра једним од најјачих тимова из Колумбије, један је од најконзистентнијих клубова у земљи. Атлетико Насионал је до данас освојио 16 лигашких титула, четири купа Колумбије и два пута освојио колумбијску Суперлигу, укупно 22 домаће титуле, што га чини најуспешнијим фудбалским тимом у Колумбији. Они су такође били први колумбијски клуб који је освојио Копа либертадорес 1989. године, а након што су поново освојили титулу 2016. године, најуспешнији су колумбијски клуб у овом такмичењу. Такође има највише међународних титула у поређењу са било којим другим колумбијским клубом; два пута је освојио Куп Мерконорте и Копа Интерамерикану и једном Рекопа Судамерикана, са укупно седам међународних трофеја.
У 2016. години, Атлетико Насионал је по IFFHS рангиран као најбољи фудбалски клуб на свету, поставши први јужноамерички клуб и први ван Европе који је добио награду.[6] Такође је рангиран као најбољи колумбијски клуб 21. века.[7] Национал се такође сматра најбољим колумбијским клубом на клупским турнирима под окриљем асоцијације КОНМЕБОЛ[8] и заузео треће место у званичном клупском пласману Копа либертадореса.[9]
Занимљиво да је један од покровитеља клуба био колумбијски криминалац Пабло Ескобар, током 1980-их и почетком 1990-их година.[10][11][12][13]
