Постоји више подела кушитских језика на под-огранке. Једини не-контроверзни огранак је Агав огранак (централни кушитски језици), који у свим поделама чини засебни огранак. Беџа језик (северни кушитски језик) се понекад рачуна као посебан језик. Још неколико језика нема јасну позицију у оквиру кушитских језика: Дулај језици и Јааку језик, на пример.
Неки лингвисти третирају омотске језике као део кушитских језика. Омотски језици су некада називани западни кушитски језици. Већина лингвиста, ипак, омотске језике сврстава изван кушитске групе, а неки их сматрају засебном језичком породицом, тј, сматрају да омотски језици нису уопште генетски повезани са афроазијским језицима.