Куп европских шампиона 1968/69. је било 14. издање Купа шампиона, најјачег европског клупског фудбалског такмичења. Финале је одиграно 28. маја1969. на стадиону Сантијаго Бернабеу у Мадриду, где је Милан са 4:1 победио Ајакс, и тако освојио свој други трофеј Купа шампиона (претходни 1963). Милан је такође на путу до трофеја у полуфиналу елиминисао Манчестер јунајтед, браниоца трофеја из претходне сезоне.
Неколико клубова из источне Европе се повукло из такмичења јер је УЕФА упарила све источноевропске клубове да играју једни против других, а то је урађено јер су западне државе претиле да ће бојкотовати такмичење због инвазије Совјетског Савеза на Чехословачку. Енглеска је једина имала два представника, поред Манчестер јунајтед, освајача Купа шампиона из претходне сезоне, још је играо и Манчестер сити, првак Енглеске у претходној сезони.
На свакој утакмици је била дозвољена замена два играча; уведени су обавезни датуми мечева (две недеље између мечева), који су били фиксирани на среду; правило гола у гостима је проширено на цело такмичење, а у случају да су клубови након два меча изједначени играла би се трећа утакмица да одлучи победника.