Куп Србије и Црне Горе у фудбалу 2003/04. била је друга, и прва пуна, сезона годишњег националног фудбалског купа Србије и Црне Горе. Бранилац титуле био је Сартид. Црвена звезда победник је такмичења, пошто је победила у финалу Будућност Банатски Двор резултатом 1 : 0.
Godišnjak Fudbalskog saveza Srbije i Crne Gore 2003–04 [Yearbook of the Football Association of Serbia and Montenegro 2003–04]. Football Association of Serbia and Montenegro. 2004.