Изабран је за конзула109. п. н. е. заједно са Марком Јунијем Силаном.[2] Преузео је заповедништво у рату са Југуртом.[2] Метелу је припала Нумидија. Римскавојска је до његовога заповедништва трпила сталне поразе у рату са Југуртом. Метел се због тога није поуздавао у стару војску, него је окупио нову војску и добро се снабдео, па је тек онда кренуо у Африку.[2] У њега су полагане велике наде, јер је за разлику од осталих римских заповедника био непоткупљив.[2] Стање које је затекао у Нумидији било је веома лоше, јер је војска била без дисциплине, а коморџије су пљачкали што су стигли. Одмах је ограничио разне злоупотребе, а стално је премештао логор и тражио да се утврђује као да је близу непријатељ.[4] За кратко време је ојачао војску увођењем дисциплине. Чим је Југурта уочио да је нови командант способан војсковођа почео је да очајава и да нуди предају, а Метел је са друге стране придобијао Југуртине поданике и кренуо је са великом војском на Југуртину територију.[5]Југурта је тражио прилику да изненада нападне римскувојску. Метел је на челу римскевојске успео да потуче Југурту у бици код Мутула.[6] Била је то прва велика римска победа над Југуртом. Након пораза Југурта се повукао у шумовито подручје, а Метел је војсци препустио да пљачка богате крајеве Нумидије.[7] Међутим, Југурта је прибегао герилскомрату. Метел је онда одлучио да нападне велики град Заму,[8] али тај подухват се показао неуспешним.[9]
Рат се одуговлачи
Када је Гај Марије тражио од Метела дозволу да оде у Рим да се кандидује за конзула Метел га је више пута одговарао од те намере.[10] Метел је током 108. п. н. е. изабран за проконзула и продужено му је заповедништво у рату са Југуртом. Југурта би редовно почињао мировне преговоре, које би онда кршио или он или Метел. Метелу је страдао цели гарнизон у Ваги, али након два дана освојио је град и препустио га освети и пљачки.[11]Гај Марије је због тих Метелових неуспеха добијао све већу подршку од народа у Риму. Југурта је исто тако имао проблема са издајом у својим редовима. Метел је након тога остварио значајан успех освајајући изузетно јако Југуртино упориште град Талу. Југурта је својим брзим покретима успевао увек да умакне Метеловој војсци. Након пада ТалуаЈугурта се повукао код Гетула, племена у средишту пустиње.[12] Ту је поново регрутовао свежу војску, са којом је могао да напада срце Нумидије. Југурта је успео да добије и подршку Бакха, краљаМауританије. Тада су Метелу стигле и вести да је Гај Марије постао конзул за 107. п. н. е. и да је добио заповедништво над Нумидијом.[13] По повратку у РимСенат је одлучио да награди Метела, па му је изгласан тријумф и добио је надимак Нумидски или Нумидик (Нумиђанин).
Када је Луције Апулеј Сатурнин100. п. н. е. поново постао народни трибун предложио је да се подели земља, коју су Кимбри држали једно време. У предлог закона Апулеј Сатурнин је додао клаузулу, да ако народ изгласа закон, да је Сенат дужан да у року од пет дана положи заклетву на тај закон.[15][16] Онај ко се не би заклео морао би по тој клаузули да плати двадесет таланата и да буде уклоњен из Сената.[15] Та клаузула била је усмерена на Квинта Цецилија Метела Нумидског, њиховог главног политичког непријатеља, за кога су знали да је исувише поносан, да би се заклео.[15] Након изгласавања закона Гај Марије је у својству конзула ставио пред Сенат да се закуну на закон, а пре тога је изнео своје мишљење, којим је Метелу спремио замку. Марије је рекао да се он никад не би добровољно заклео таквом заклетвом.[17]Гај Марије је петог дана на брзину сакупио Сенат и под изговором да се боји народа позвао да се закуну, што је он први учинио.[17]Заклели су се и сви остали сенатори, сем Метела, кога је онда Апулеј Сатурнин уклонио из Сената.[18][16]Сатурнин и Глауције су онда сазвали народ да гласају о Метеловом протеривању. Иако су пријатељи били спремни да га бране оружјем Метел је одлучио да оде пре гласања.[18]