Друга лига Републике Српске у фудбалу 2006/07. је било дванаесто по реду такмичење Друге лиге Републике Српске у организацији Фудбалског савеза Републике Српске. У сезони 2006/07. се такмичило укупно 46 клубова, односно 16 клубова у групи Запад, 16 у групи Центар, те 14 у групи Југ.