У Москву је отишао 1659. године, али је 1661. године оптужен за подршку унијама и послан у егзил у Тоболск, где је провео 16 година.[1] У Тоболску Крижанић ствара своју огромну креативност, укључујући идеју универзалног словенског језика заснованог на најпопуларнијем руском језику. Године 1664. био је у друштву Авакума Петрова.
После смрти цара Алексеја Романова, 5. марта 1676. године, Крижанић је добио краљевско опроштење и дозволу за повратак у Москву, а затим напустио Русију.[1]