Јован Асен III (бугарски: Иван Асен III; 1259—1303), био је бугарски цар од 1279. до 1280. године. Носио је византијску титулу деспота.

Јован је био син цара Мице Асена и царице Марије Асен, ћерке цара Јована Асена II и царице Ирене Солунске. Рођен је 1259. или 1260. године, а умро је у егзилу у Малој Азији 1303. године. Заплашен успоном Ивајла, цар Михаило VIII Палеолог, византијски цар, позвао је Јована на двор те му доделио титулу деспота оженивши га својом најстаријом ћерком Ирином Палеолог (1277/1278). Цар Михаило VIII му је потом дао одређен број војника који ће му помоћи да се учврсти на престолу Бугарске. Иако је цар Ивајло неколико пута поразио Јована, на крају је три месеца блокиран у Силистрији од стране монголских савезника цара Михаила VIII. Византијска војска је опсела бугарску престоницу Трново, а када су се прочуле гласине о наводној смрти цара Ивајла, племство је стало на страну Јована и прихватило га за цара 1279. године.

Цар Јован Асен III се на власти одржао свега годину дана. Како би ојачао своју позицију у Трнову, цар Јован Асен III је своју сестру Марију удао за бугарско-куманског властелина Ђорђа Тертера. Међутим, Ђорђе и цар Јован III нису успели да успоставе власт над читавом Бугарском. Цар Ивајло се појавио пред зидинама престонице и разбио два византијска одреда која су покушала да помогну цару Јовану III. Цар Јован III и царица Ирина Палеолог у тајности напуштају Трново са благом из ризнице. Доспели су до Месембрије (Несебара) где су се укрцали на брод који их је одвео до Цариграда. Тамо је цара Јована III, цар Михаило VIII оптужио за кукавичлук и одбио је да им пружи уточиште. Године 1280. или 1281. цар Јован III је отпутовао у Златну Хорду где се са царем Ивајлом борио за наклоност Монгола који би му помогли да се врати на престо. Монголски кан Ногај је на једној гозби наредио да се цар Ивајло и цар Јован III погубе, захваљујући заступиштву Еуфросине Палеолог, ванбрачне ћерке цара Михаила VIII и супруге Ногаја, цар Јован III је поштеђен. Међутим, Ногај није успео да на престо врати цара Јована III. На њему је сада седео цар Ђорђе I Тертер. Цар Јован Асен III се вратио на своје поседе у Троади у Малој Азији где је умро 1303. године.

Упркос неуспеху са Татарима, цар Јован Асен III је наставио да носи своју царску титулу још неколико година, све док није постигнут споразум између цара Ђорђа I Тертера и новог цара Андроника II Палеолога. Према споразуму, бугарски цар је послао у Византију своју другу жену, сестру цара Јована Асена III - Марију, а Византија му је предала његову прву жену и сина Теодора Светослава. Тада се Јован Асен III одрекао своје царске титуле и остао византијски деспот до своје смрти 1303. године. Бивши цар је умро на свом имању на реци Скамандер у Малој Азији, у близини рушевина древне Троје, датој као апанажа његовом оцу деспоту Мици Асену. Верује се да је трновско благо, које је било похрањено на породичном имању, пало у руке плаћеника Роџера де Флора, који се оженио ћерком деспота Јована Асена III – Маријом Асен, након чега му се губи траг.^[1]

Цар Јован Асен III и царица Ирина Палеолог основали су, у Византији утицајну породицу Асена. Припадници Асена заузимали су високе положаје све до пада Византије у 15. веку. Унука деспота Јована Асена била је царица Ирина Асен, жена византијског цара Јована VI Кантакузина. Јован и Ирина имали су седморо деце:

• Михаило Асен, титуларни цар Бугарске 1302/1303. године.
• Андроник Асен, отац Ирине Асен, деспот Мореје;
• Исак Асен, први брак са Теодором, ћерком татарског кана Абаге и Марије Палеолог, ванбрачне ћерке цара Михаила VIII; други брак са непознатом женом, са којом је имао три сина - Андроника Асена, Михаила Асена и Андреја Асена, као и ћерку Ирину Асен, удату око 1346/1351. године, за Георгија Филантропина, намесника Лемноса^[2]
• Манојло Асен
• Константин Асен, који има сина Михаила Асена, гувернера Лезбоса^[3]
• Теодора Асенина, удата најпре за Ернана Хименеза, а затим за Манојла Тагариса
• Марија Асенина, удата за Руђера де Флора

• Асени