Posttranskripciona modifikacija

Primer signala koji usmerava posttranskripcionu obradu: konzervirani eukariotski poliadenilacioni signal usmerava cepanje i adiciju poli-A repa na iRNK transkript

Posttranskripciona modifikacija ili kotranskripciona modifikacija je proces u eukariotskim ćelijama u kome se primarni transkript RNK konvertuje u zrelu RNK. Značajan primer je konverzija prekurzorske informacione RNK u krajnju informacionu RNK (iRNK) koja se formira pre translacije proteina. Proces obuhvata tri glavna koraka: adicija 5' kape, adicija 3' poli-adenilacionog repa, i splajsovanje. Ovaj proces je vitalan za korektnu translaciju genoma eukariota, zato što inicijalna prekurzorska iRNK koja se formira tokom transkripcije sadrži eksone (kodirajućie ili važne sekvence koje učestvuju u translaciji), i introne (nekodirajuće sekvence).[1]

Baze podataka

Ime Opis Tip Link Reference
RMBase RMBase je dizajnirana za dekodiranje prostora RNK modifikacija identifikovanog na bazi sekvenciranja visokog kapaciteta (Pseudo-seq, Ψ-seq, CeU-seq, Aza-IP, MeRIP-seq, m6A-seq, miCLIP, m6A-CLIP, RiboMeth-seq). U ovom izvoru su demonstrirane hiljade RNK modifikacija lociranih na iRNK, regulatornim ncRNK (e.g. lncRNA, miRNA), mesta vezivanja miRNA i SNP mutacije vazane za bolesti. baza podataka vebsajt[мртва веза] [2]
MODOMICS MODOMICS je baza podataka RNK modifikacija koja pruža sveobuhvatne informacije o hemijskim strukturama modifikovanih ribonukleozida, nihovim biosintetičkim putevima, enzimima koji modifikuju RNK i lokacijama modifikovanih ostataka u RNK sekvencama. baza podataka vebsajt [3]
RNAMDB RNAMDB služi kao fokalna tačka za informacije vezane za prirodne RNK modifikacije baza podataka vebsajt [4]
.

Vidi još

Reference

  1. ^ Berg, Tymoczko & Stryer 2007, стр. 836
  2. ^ Sun, WJ; Li, JH; Liu, S; Wu, J; Zhou, H; Qu, LH; Yang, JH (11. 10. 2015). „RMBase: a resource for decoding the landscape of RNA modifications from high-throughput sequencing data.”. Nucleic Acids Research. 44: gkv1036. PMC 4702777 Слободан приступ. PMID 26464443. doi:10.1093/nar/gkv1036. 
  3. ^ Machnicka, MA; Milanowska, K; Osman Oglou, O; Purta, E; Kurkowska, M; Olchowik, A; Januszewski, W; Kalinowski, S; Dunin-Horkawicz, S; Rother, KM; Helm, M; Bujnicki, JM; Grosjean, H (decembar 2012). „MODOMICS: a database of RNA modification pathways--2013 update.”. Nucleic Acids Research. 41 (Database issue): D262—7. PMC 3531130 Слободан приступ. PMID 23118484. doi:10.1093/nar/gks1007. 
  4. ^ Cantara, WA; Crain, PF; Rozenski, J; McCloskey, JA; Harris, KA; Zhang, X; Vendeix, FA; Fabris, D; Agris, PF (decembar 2010). „The RNA Modification Database, RNAMDB: 2011 update.”. Nucleic Acids Research. 39 (Database issue): D195—201. PMC 3013656 Слободан приступ. PMID 21071406. doi:10.1093/nar/gkq1028. 

Literatura

  1. Berg, Jeremy M.; Tymoczko, John L.; Stryer, Lubert (2007), Biochemistry (6 изд.), New York: WH Freeman & Co., ISBN 978-0-7167-6766-4 
  2. Hames, David; Hooper, Nigel (2006), Instant Notes Biochemistry (3 изд.), Leeds: Taylor and Francis, ISBN 978-0-415-36778-3 

Spoljašnje veze

RMBase RNA Modification Base is designed for decoding the landscape of RNA modifications identified from high-throughput sequencing data (Pseudo-seq, Ψ-seq, CeU-seq, Aza-IP, MeRIP-seq, m6A-seq, miCLIP, m6A-CLIP, RiboMeth-seq).