Основан је 1895. под именом „Цивилни фудбалски савез Гибралтара” (Gibraltar Civilian Football Association), да би касније променио у данашњи назив. Један је од најстаријих фудбалских савеза у свету.[1]
Од октобра 2012. ФС Гибралтара је постао привремени члан УЕФА, па су футсал репрезентација Гибралтара, као и фудбалске селекције до 19 и до 17 година, учествовале у такмичењима УЕФА у сезони 2013/14. На 37. конгресу УЕФА одржаном у Лондону24. маја2013. Гибралтар је примљен у УЕФА као пуноправни члан.[1] ФС Гибралтара је 13. маја2016. на конгресу ФИФА у Мексику примљен и у ФИФА као пуноправни члан.[2]