До 1999. постојао је само један ФК Трепча у Косовској Митровици, али након ратних дешавања албанска и српска страна су се поделиле и формирале одвојене клубове са истим именом. Албански клуб је узурпирао право да представља ФК Трепча.
Клуб се 2010. фузионисао са ФК Партизаном из Косовске Митровице. Иако је седиште клуба у Косовској Митровици, своје утакмице као домаћин игра на градском стадиону Звечан у Житковцу.
Историја
Најуспешнији период клуба је сезона 1976/77. када је клуб освојио прво место у Другој савезној лиги СФР Југославије и тиме по први пут у историји обезбедио учешће у Првој лиги СФР Југославије. Прву сезону у елитном рангу су завршили на последњем 18. месту, тако да су већ након једне сезоне испали у нижи ранг. Али клуб је те исте сезоне 1977/78. направио и највећи успех у историји клуба играјући финале Купа СФР Југославије, где је ипак поражен од Ријеке са 1:0.
ФК Трепча је шест пута била освајач првенства Косова и Метохије, док је то такмичење било регионална лига у лигашком систему СФР Југославије/СР Југославије. Такође је освајач и Купа Косова и Метохије у сезони 1991/92.
Након рата на Косову и Метохији и поделе клуба на српски и албански, Трепча се углавном такмичила у четвртом рангу такмичења. У сезони 2018/19. године освојили су треће место у Шумадијско-рашкој зони и пласирали се у Српску лигу Запад након што је одлучено да се она прошири на 18 клубова. Трепча ће се у Српској лиги такмичити први пут након 17 година.[1]