Рођен је као Стојан Јовановић у селу Мркоњићи, Попово поље, надомак Требиња у Херцеговини од мајке Ане-Анастасије (девојачко презиме Ђурица) и оца Петра Јовановића, по предању 28. децембра1610. године, у богобојажљивој породици херцеговачких тежака. У страху од данка у крви, родитељи су Стојана већ у дванаестој години послали у скровити манастир Завалу, у којем је већ тада игумановао његов стриц, игуман Серафим. Тамо се учио црквеној писмености. После неколико година, Стојан прелази у требињскиманастир Тврдош, где након похађања манастирскешколе, најзад прима и монашки постриг[2] и свештенички чин, поставши парох поповопољски.
Погоршање прилика у манастиру, нарочито због унијатских притисака из Дубровачкенадбискупије и самовоље турских власти и жеља за дубљим подвигом одводе га као архимандрита у Пећку Патријаршију и, по благослову патријарха Пајсија Јањевца, даље на Свету Гору, а затим у Влашку и Украјину. Отуда се враћа са даровима тамошњих владара страдалном народу у Херцеговини. Године 1638. архимандрит Василије је рукоположен у Пећи одлуком Светог синода за митрополита херцеговачког, са обновљеном светосавском титулом - митрополит Захумски. Касније ће додати и титулу и Скендеријски. Кнез Лука Владиславић (отац Саве Владиславића) га је пратио на пут у Пећ и назад, када је Острог богато даривао.[3] Његов живот био је у сталној опасности од Турака. Био је прогањан и клеветан и од милитантних римокатоличких мисионара и прелата. Био је свргаван са митрополитског престола у Требињу од стране лажног епископа унијате Саватија 1641. године. Излаган је бахатостима племенских кнезова и непослушних ускочких четовођа. Ипак, стизао је где год су га водили задаци његове архиепископске службе, од Мостара, Требиња, Билеће и Херцег Новог до Пљеваља, Мораче, Оногошта, Пјешиваца и Бјелопавлића.
Споменик, Храм Светог Василија Острошког
Као архијереј живео је у манастиру Тврдош и одатле утврђивао у православљу своје вернике, чувајући их од турских свирепости и латинског лукавства. Када су Турци разорили Тврдош, бежао је на Свету гору, али га је народ у Бјелопавлићима зауставио уз обећање да ће му свако давати по мерицу пшенице за издржавање. Владика је остао и најпре се подвизавао у једној пећини у Пјешивцима, а касније прелази у острошку пећину.[4]Манастир Острог је место где је наставио свој строги подвижнички живот. Последњих 15 година свог живота провео је у пећинској испосници у Горњем Острогу.
Умро је 1671. године. Његове мошти и његов гроб чувају се у манастиру у Острогу до данашњег дана. У њихову моћ исцељења и утехе верују подједнако и хришћани и муслимани. У Острогу се сваке године на Тројичине дане одржава велики Народни сабор. Манастир Светог Василија Острошког му је посвећен.
Српска православна црква слави Светог Василија Острошког 12. маја, по грегоријанском календару (29. априла, по јулијанском).[5] Најимпозантнији, најмонументалнији православни храм посвећен Св. Василију, је онај у Никшићу.[6] То је задужбина црногорског кнеза Николе I Петровића, рађена по пројекту Руса, Преображенског, освећена 15. августа 1900. године.
О њему је Жељко Пржуљ написао историјски роман „Владика - слава му и милост“ 2016. године.[7] Поводом 350 година од његове смрти организован је научни скуп маја 2021. године.[8]
