Спортско друштво Панатинаикос постоји од 1908, а кошаркашки клуб је основан 1919. Своје утакмице клуб игра у Олимпијској дворани у Атини, капацитета 18.989 гледалаца. Боје клуба су зелена и бела.
Пантинаикос је у Паризу1996. освојио први наслов европског првака, победивши у финалу шпанску Барселону, резултатом 67:66 и тиме је постао први грчки тим којем је то пошло за руком. У септембру те исте године Панатинаикос је освојио Интерконтинентални куп, савладавши у финалној серији (2:1 укупно) аргентински Венадо Туерто са 83:89, 83:78 и 101:76. Године 2000. је по други пут Панатинаикос постао европски првак, савладавши у финалу израелски Макаби Тел Авив, резултатом 73:67. Године 2002. су у Болоњи освојили трећи наслов првака Европе, савладавши у финалу домаћи тим Киндер, резултатом 89:83. Године 2007. освојили су на домаћем терену четврти наслов европског првака, савладавши у финалу ЦСКА Москву, резултатом 93:91. Пета титула првака Европе освојена је 2009. године против истог ривала тријумфом 73:71 у Берлину, док је шеста титула стигла 2011. још једном победом над Макабијем из Тел Авива 78:70 овај пута на завршном турниру у Барселони. Након једног кризног периода седма титула првака Европе стигла је 2024. године тријумфом, опет у Берлину над најтрофејнијим европским клубом Реал Мадридом од 95:80. Панатинаикос је укупно 12 пута био учесник финалног турнира Евролиге (1994, 1995, 1996, 2000, 2001, 2002, 2005, 2007, 2009, 2011, 2012. и 2024).
