Формат такмичења је остао исти као претходних сезона, такмичи се 12 клубова, игра се трокружним системом, свако са сваким кући и на страни по једном, док се распоред за трећи круг одређује на основу позиција на табели након прва два круга. На крају сезоне, побједник Друге лиге ће изборити пласман у Прву лигу за сезону 2013/14. док ће другопласирана и трећепласирана екипа играти у баражу са десетопласираном и једанаестопласираном екипом из Прве лиге на крају сезоне 2012/13.
5. марта 2013. прије старта прољећног дијела лиге, ОФК Бар је путем дописа обавијестио фудбалски савез Црне Горе да одустаје од такмичења у Другој лиги,[3] сходно томе, комисија за такмичење фудбалског савеза Црне Горе је, на сједници одржаној 6. марта, донијела одлуку да се сениорски тим ОФК Бар избрише из такмичења Друге лиге Црне Горе за сезону 2012/13.[4] Све утакмице које је ОФК Бар одиграо у јесењем дијелу су поништене и сматра се да нису ни одигране,[4] а утакмице у прољећном дијелу нису регистроване службеним резултатом 3:0, у корист противника.[4]
Након завршетка првенства другопласирана екипа из Друге лиге играла је са једанаестопласираном екипе из Прве лиге за мјесто у Првој лиги у сезони 2013/14. Исто тако су играли и трећепласирани из Друге лиге против десетопласираног из Прве лиге. Побједници ових сусрета изборили су пласман у Прву лигу за сезону 2013/14, а поражени ће играти у Другој лиги Црне Горе.
Трећа лига Црне Горе подијељена је на три регије (Јужну, Сјеверну и Средњу). Након завршеног лигашког дијела у регијама, прваци играју међусобно по систему свако са сваким два пута (кући и на страни), двије екипе ће изборити пласман у Другу лигу Црне Горе, док ће трећа екипа и наредне сезоне играти у Трећој лиги, у својој регији.
У Другу лигу Црне Горе 2013/14. пласирали су се Ком из Подгорице и Цетиње из Цетиња.[30] Све три екипе имале су исти учинак, али је Ком заузео прво мјесто због најбоље гол разлике.[30][31] Цетиње и Пљевља су имали идентичан број постигнутих и примљених голова, али је ФК Цетиње заузео друго мјесто због бољег међусобног скора.[30][32] Фудбалски клуб Пљевља су на ту одлуку уложила жалбу у којој се наводи да је ФК Цетиње требало да буде санкционисан одузимањем бодова због инцидента на утакмици између Кома и Цетиња, која је прекинута у 89. минуту због ударања судије и регистрована службеним резултатом.[33] Као и три дана касније, на утакмици Цетиње - Пљевља, када су тренер и фудбалери Пљеваља нападнути на полувремену утакмице, приликом чега је повријеђен фудбалер ФК Пљевља, Ади Бамбур, који није могао да настави меч.[33]
^Утакмица између ОФК Бара и Бокеља није одиграна је домаћи тим није имао материјалних средстава која су потребна за одигравање утакмице. Регистрована је службеним резултатом за госте, а касније је поништена, након што је ОФК Бар иступио из лиге, прије почетка прољећног дијела сезоне.
^Утакмица је прекинута у 89. минуту, када је фудбалер Цетиња, Иван Вујовић, ударио судију због досуђеног пенала за Ком. Регистрована је службеним резултатом у корист домаћина.
