Друга лига Републике Српске у фудбалу 1998/99. је било четврто по реду такмичење Друге лиге Републике Српске у организацији Фудбалског савеза Републике Српске. У сезони 1998/99. се такмичило укупно 52 клубa, односно 18 клубова у групи Запад,18 у групи Центар и 16 у групи Југ.