Доње Лисиче је смештено у северном делу Северне Македоније. Од најближег већег града, Скопља, насеље је удаљено 10 km источно.
Насеље Доње Лисиче је у оквиру историјске области Скопско поље, у њеном средишњем делу. Околина насеља је равничарска, плодна и густо насељена. Надморска висина насеља је приближно 230 метара.