Грачани су смештени у северном делу Северне Македоније. Од најближег већег града, Скопља, насеље је удаљено 20 km северозападно.
Насеље Грачани се налази у историјској области Скопско поље. Село је положено на првим висовима западно од Скопске котлине, која је равничарско подручје. Ка западу се издиже планина Ветерник. Надморска висина насеља је приближно 580 метара.