Јован Кантакузин (грч. Ἱωάννης Καντακουζηνός) био је гувернер Тракејске теме између 1244. и 1249. године, са титулама дукс и пинкерн. Године 1249. командовао је експедицијом коју је послао цар Јован III Дука Ватац против Ђеновљана који су извршили инвазију и преузели контролу над Родосом током одсуства његовог гувернера Јована Габала.^[1]

Пред крај свог живота Јован Кантакузин се замонашио, примивши име Јоаникије, и умро је негде пре 1257. године.^[2]

Доналд Никол пружа доказе који подржавају идентификацију овог Јована са Јованом Кантакузином Комнином Анђелом, који је био муж Ирине Комнин Палеолог, сестре цара Михаила VIII Палеолога.^[1] Позната деца овог пара су:^[2]

• Теодора, која се удала први пут за Ђорђа Музалона, други пут за Јована Раула Петралифа;
• Марија, жена бугарског цара Константина I Асена Тиха;
• Ана, жена деспота Нићифора I Комнина Дуке од Епира;
• Евгенија, жена генерала Сиргијана, и мајка Сиргијана Палеолога;
• Могућа пета неименована ћерка, која се удала за Теодора Музалона.

• Nicol, Donald M. (1968). The Byzantine Family of Kantakouzenos (Cantacuzenus), ca. 1100–1460: A Genealogical and Prosopographical Study. Dumbarton Oaks studies 11. Washington, DC: Dumbarton Oaks Center for Byzantine Studies. OCLC 390843.