Ziljo napajajo pritoki iz Ziljskih Alp in Karnijskih Alp. Obe gorovji imata več kot 2000 mm padavin letno, zato so pritoki precej vodnati, in ker je porečje precej strmo in kratko, Zilja rada hitro naraste in poplavlja. Kratki in strmi pritoki so nanesli precej morenastega gradiva, ki zavira odtok. Zato je dno doline mokrotno in zaradi kisloljubnega rastja izrabljeno zlasti za konjskepašnike. Veliko mokrišč sestavlja pomemben ekotop in zavetišče za divjad in ptice. Pri Podkloštru priteka v Ziljo Ziljica, ki odmaka Kanalsko dolino (zdaj v Italiji) in sicer zahodno od Žabniške razvodnice, vključno z Rabeljskim jezerom, iz katerega priteka.
