Različica SARS-CoV-2 gama

Skupno število potrjenih vzorcev P.1 po državah na dan 21. 4. 2021[1]
Legenda:
  ≥ 1.000 potrjenih vzorcev
  500–999 potrjenih vzorcev
  100–499 potrjenih vzorcev
  2–99 potrjenih vzorcev
  1 potrjen vzorec sequence
  ni potrjenih vzorcev ali ni podatka

Različica gama virusa SARS-CoV-2, imenovana tudi varianta gama, linija P.1, VOC-202101/02[2] ali neustrezno brazilska različica[3][4][5] je ena od virusnih različic SARS-CoV-2, povzročitelja covida 19.[6] Ima 17 aminokislinskih substitucij (mutacij v zaporedju aminokislin), od česar jih je deset v konični beljakovini in nadalje tri od njih posebej zaskrbljujoče: N501Y, E484K in K417T.[7][8] Prvič so jo zaznali v Nacionalnem inštitutu za nalezljive bolezni na Japonskem, in sicer pri štirih osebah, ki so šriti dni pred tem pripotovale iz brazilske zvezne države Amazonas.[7][9] Kasneje so potrdili, da gre za različico, ki kroži med prebivalstvom Brazilije.[7]

V začetku leta 2021 je različica gama povzročila obširen izbruh v Manausu, prestolnici države Amazonas, ki je sicer doživelo hud izbruh covida 19 že v maju 2020[10] in za katerega prebivalstvo je raziskava[11] pokazala veliko prekuženost oziroma seroprevalenco protiteles proti SARS-CoV-2.[12] Raziskava, objavljena v strokovni reviji Science Journal je pokazala za različico gama, da se lažje prenaša in ima višjo smrtnos (v primerjavi z B.1.1.28).[13]

Obstajata dve podrazličici, in sicer 28-AM-1 in 28-AM-2; pri obeh so prisotne mutacije K417T, E484K in N501Y, razvili pa sta se nepovezano ena od druge v amazonskem predelu Brazilije.[14]

V Sloveniji se različica beta ni razširila; do 17. junija 2021 so na primer v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano med vsemi testiranimi vzorci skupno potrdili različico gama le pri sedmih vzorcih,[15] na Inštitutu za mikrobiologijo pa do 1. 8. 2021 pri treh vzorcih.[16]

Sklici

  1. ↑ »Lineage P.1«. cov-lineages.org. Pridobljeno 21. aprila 2021.
  2. ↑ Public Health England (27. februar 2021). »Variants: distribution of cases data«. GOV.UK (v angleščini). Pridobljeno 27. februarja 2021.{{navedi splet}}: Vzdrževanje CS1: url-status (povezava)
  3. ↑ Feil, Ed (2. junij 2021). »Grške črke za različice koronavirusa«. Delo. Pridobljeno 17. avgusta 2021.
  4. ↑ »Covid-19: Brazil virus already in UK 'not variant of concern', scientist says«. www.bbc.com. 15. januar 2021. Pridobljeno 15. januarja 2021.
  5. ↑ »COVID-19: Virologist says Brazilian coronavirus variant detected in UK is not the one 'of concern'«. news.sky.com. 15. januar 2021. Pridobljeno 15. januarja 2021.
  6. ↑ Newey, Sarah (12. januar 2021). »Third concerning coronavirus variant should be a 'wake up call' to the world, experts warn«. The Telegraph. Pridobljeno 17. januarja 2021.
  7. ↑ 7,0 7,1 7,2 Faria, Nuno R.; Claro, Ingra Morales (12. januar 2021). »Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings«. Virological (v angleščini). Pridobljeno 23. januarja 2021.{{navedi splet}}: Vzdrževanje CS1: url-status (povezava)
  8. ↑ »COG-UK Report on SARS-CoV-2 Spike mutations of interest in the UK« (PDF). Covid-19 Genomics UK Consortium. 15. januar 2021. Pridobljeno 25. januarja 2021.
  9. ↑ »Japan finds new coronavirus variant in travelers from Brazil«. Japan Today. Japan. 11. januar 2021. Pridobljeno 14. januarja 2021.
  10. ↑ Matt Rivers (28. januar 2021). »Is a new coronavirus variant to blame for this Brazilian city's collapse?«. CNN.
  11. ↑ Buss, Lewis F.; Prete, Carlos A.; Abrahim, Claudia M. M.; Mendrone, Alfredo; Salomon, Tassila; de Almeida-Neto, Cesar; in sod. (8. december 2020). »Three-quarters attack rate of SARS-CoV-2 in the Brazilian Amazon during a largely unmitigated epidemic«. Science. American Association for the Advancement of Science. 371 (6526): 288–292. doi:10.1126/science.abe9728. ISSN 0036-8075. PMC 7857406. PMID 33293339.
  12. ↑ Sabino, Ester C.; Buss, Lewis F.; Carvalho, Maria P. S.; Prete, Carlos A.; Crispim, Myuki A. E.; Fraiji, Nelson A.; in sod. (27. januar 2021). »Resurgence of COVID-19 in Manaus, Brazil, despite high seroprevalence«. The Lancet (v angleščini). 397 (10273): 452–455. doi:10.1016/S0140-6736(21)00183-5. ISSN 0140-6736. PMC 7906746. PMID 33515491.
  13. ↑ »Genomics and epidemiology of the P.1 SARS-CoV-2 lineage in Manaus, Brazil«. Science Magazine. 31. maj 2021. Pridobljeno 7. julija 2021.
  14. ↑ Toovey, Oliver T.R.; Harvey, Kirsty N.; Bird, Paul W.; Wei-Tze Wei-Tze Tang, Julian (3. februar 2021). »Introduction of Brazilian SARS-CoV-2 484K.V2 related variants into the UK«. Journal of Infection. 82 (5): e23–e24. doi:10.1016/j.jinf.2021.01.025. PMC 7857057. PMID 33548358.
  15. ↑ »Sledenje različicam SARS-CoV-2«. Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano. 17. junij 2021. Pridobljeno 9. septembra 2021.
  16. ↑ »Sistematično genomsko opredeljevanje in spremljanje epidemije SARS-CoV-2 v Sloveniji na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete Univerze v Ljubljani, Rezultati testiranja 272 vzorcev odvzetih med 26. 07. 2021 in 01. 08. 2021«. Inštitut za mikrobiologijo in imunologijo. 12. avgust 2021. Arhivirano iz prvotnega spletišča dne 9. septembra 2021. Pridobljeno 9. septembra 2021.