Leta 1959 je muzej postal organizacijska enota Inštituta za zgodovino delavskega gibanja; leta 1962 pa se je muzej izločil iz njega in postal samostojni zavod. Vlada Republike Slovenije je leta 1994 muzej preimenovana v Muzej novejše zgodovine in nato leta 2001 še v Muzej novejše zgodovine Slovenije.[2]
Leta 2023 je prišlo do združitve Muzeja novejše zgodovine Slovenije in Muzeja slovenske osamosvojitve, ki po združitvi nastopata pod imenom Muzej novejše in sodobne zgodovine Slovenije.