Rodil se je očetu Jožefu st. in materi Heleni. Bogoslovje je v letih 1820-1824 študiral Ljubljani. Kot kaplan je služboval na Raki, v Laščah pri Žužemberku in ljubljanski stolnici. V letih 1836–1857 je bil župnik na Dobrovi pri Ljubljani, nato do smrti župnik v Šentvidu pri Stični. Na Dobrovi je leta 1845 s pomočjo župljanov preuredil mežnarijo za potrebe šole in uvedel redni pouk. Umrl je v Ljubljani pri svojem bratu, prav tako duhovniku Janezu Poklukarju le nekaj ur kasneje kot njegov sorodnik teologJožef Poklukar (starejši), tako da sta 10. marca 1866 imela skupen pogreb in prišla v skupen grob. Jožef Poklukar (mlajši) in Janez Poklukar sta bila strica politiku dr. Josipu Poklukarju.