Hutton je hodil na Kraljevo gimnazijo (RHC). Izbral je pravo in medicino. Začela ga je zanimati porajajoča znanost geologija. Med delom v Berwickshireu kot »olikani kmet« je z različnimi zamislimi poskušal pojasniti nastanekkamnin. nato je študiral na Univerzi v Edinburghu. V tem času sta tam študirala tudi John Playfair in Joseph Black. Hutton je bil dober prijatelj Davida Humea in Adama Smitha.