Fjodor II. Je bil rojen v Moskvi kot sin in naslednik carja Borisa Godunova. Njegova mati Marija Grigorjevna Skuratova-Belskaja je bila ena od hčera Maljute Skuratove, zloglasne ljubljenke Ivana Groznega.[1]
Zemljevid Rusije Fjodorja Godunova, ki ga je objavil Hessel GerritszKonstantin Makovski (1862): Agenti Lažnega Dimitrija ubijajo Fjodorja Godunova in njegovo mater, Tretjakovska galerija, Moskva
Bil je ljubljenec svojega očeta in prejel najboljšo izobrazbo, ki je bila na voljo v tistem času. Že od otroštva je bil uveden v vse malenkosti vladanja in redno prisostvoval zasedanjem Državne dume in sprejemom tujih odposlancev. Zdi se tudi, da je bil izjemno inteligenten, saj je ustvaril zemljevid Rusije, ki je ohranjen.[1][2] Zemljevid je z nekaj dodatki objavil Hessel Gerritsz v Amsterdamu leta 1613. Ponovno je bil urejen leta 1665.
Ob nenadni smrti Borisa Godunova so 13. aprila 1605 za carja razglasili šestnajstletnega Fjodorja. Oče ga je iz previdnosti obdal z močnimi prijatelji, a je od prvega trenutka svoje vladavine živel v ozračju izdaje. 11. junija 1605 so v Moskvo prispeli odposlanci Lažnega Dimitrija I. in zahtevali njegovo odstavitev. Pisma, ki so jih javno prebrali na Rdečem trgu, so odločila carjevo usodo.[1] Skupina bojarjev, ki ni hotela priseči zvestobe novemu carju, je prevzela nadzor nad Kremljem in ga aretirala.
10. ali 20. junija je bil Fjodor skupaj z materjo zadavljen v svojem stanovanju. Uradno so ga razglasili za zastrupljenega, vendar je švedski diplomat Peter Petreius izjavil, da so bile na truplih, ki so bila javno razstavljena, vidne sledi nasilja.[3] Čeprav je bil Fjodor star komaj 16 let, je bil fizično močan in gibčen, zato so bili potrebni štirje možje, da so ga premagali.[4]
