Enteroendokrine celice so majhne in imajo bledo citoplazmo. Ležijo v stiku z bazalno membrano in mnoge celice niso v neposrednem stiku s svetlono (lumnom) prebavnega trakta. V citoplazmi so prisotna tudi nevrosekrecijska zrnca, katerih velikost, število in oblika je odvisna od vrste produkta (hormona).
S standardnim HE barvanjem (hematoksilin in eozin) je celice težko razločevati, zato se jih barva drugimi reagenti, npr. s srebrovimisolmi; glede na slednje jih lahko poimenujemo kot argirofilne (vežejo srebro (Ag) po redukciji z drugo snovjo) in argentofilne celice (reducirajo in vežejo srebro iz srebrovih soli). Starejši izraz enterokromafine celice se nanaša na reakcijo kalijevim dikromatom (K2Cr2O7), pri čemer nastane rjavi pigment.
Tipi enteroendokrini celic
Število odkritih hormonov, ki jih izločajo enteroendokrine celice, je 20, verjetno pa nekatere celice simultano izločajo dva ali več hormonov.