Prostredníctvom CEFTA zúčastnené krajiny dúfali v mobilizáciu úsilia integrovať sa do inštitúcií západnej Európy prostredníctvom účasti v CEFTA, pripojiť sa k európskym politickým, ekonomickým bezpečnostným a právnym systémom, a tým upevniť demokraciu a slobodný trh.
Všetky zúčastnené krajiny mali predtým podpísať prístupové dohody s EÚ, takže v podstate CEFTA slúži ako príprava na plnohodnotné členstvo v Európskej únii, a všetky krajiny zúčastnené v CEFTA sa stali súčasťou EÚ (Poľsko, Česko, Maďarsko, Slovensko, Slovinsko 1. mája2004, Bulharsko a Rumunsko 1. januára2007, Chorvátsko vstúpilo do EÚ 1. júla2013. Na odporúčanie EÚ budúci členovia pripravujúci sa na vstup do EÚ majú mať založené združenia voľného obchodu. Veľká časť zahraničného obchodu CEFTA je s krajinami EÚ.
V tom istom období ako keď bola budovaná CEFTA, novovzniknuté krajiny získajúce nezávislosť po rozpade Sovietskeho zväzu v Pobaltí vytvorili podobnú organizáciu - Baltic Free Trade Area (BAFTA). Toto prestalo existovať keď sa jeho členovia (Estónsko, Litva a Lotyšsko) pripojili k EÚ 1. mája2004.
CEFTA 2006
V súvislosti so vstupom zakladajúcich štátov (Česko, Slovensko, Poľsko, Maďarsko), a Slovinska bolo potrebné prispôsobiť organizáciu novej situácii a zreformovať ju. Členské krajiny sa preto v roku 2006 dohodli na reforme, čím CEFTA nadobudla dnešnú podobu. Dohoda o reforme CEFTA nadobudla platnosť 26. júna2007[1]. Zreformovanej organizácii sa hovorí aj CEFTA 2006.
Všetky členské štáty CEFTA spred roku 2006 okrem Severné Macedónsko sa stali členmi EÚ a odišli z CEFTA. CEFTA bude zachovaná vďaka tomu, že sa do nej združuje zvyšok balkánskych štátov, ktoré už majú absolvovaný kompletný rámec bilaterálnych rokovaní pre Pakt stability pre juhovýchodnú Európu.