Spock sa stal kapitánom Entreprise, po tom čo Kirk bol povýšený na Admirála, Spock však pri záchrane Enterprise na konci predchádzajúceho dielu zahynie. Jeho telo bolo odoslané na planétu Genesis, ktorá vznikla explóziou projektu Genesis, technológia schopná premeniť neživú hmotu na hmotu vytvárajúcu život. Ak by bola použitá tam, kde už život existuje, bol by všetok život zničený. Túto explóziu mal na konci prechádzajúceho filmu Star Trek II: Khanov hnev na svedomí zločinec Khan, ktorý mal s Jamesom T. Kirkom nevyriešené spory a chcel sa mu pomstiť. Veci ale nie sú tak jednoduché ako sa zdajú. Po návrate Enterprise z poslednej misie na orbit Zeme je loď určená k demontáži, pretože je príliš stará, a navyše doktor McCoy sa správa veľmi čudne - čiastočne ako Vulkánec, preto sa Kirk rozhodne Enterprise ukradnúť a vydať sa na Genesis zachrániť Spocka.