Ťažba je tu písomne doložená od roku 1248, ale už približne od 4. tisícročia pred Kr. tu ľudia získavali soľ odparovaním soľanky. V 16. a 17. storočí tu soľ ťažilo okolo 500 ľudí. Pre ťažšie geologické podmienky tu ťažba soli bola drahšia a náročnejšia ako v neďalekej Wieliczke. Počas prvého delenia Poľska pripadla oblasť Bochnie Rakúsku, ktorého súčasťou bola až do roku 1918.
Ťažba soli sa výrazne znížila po roku 1930. Prvé časti bane boli chránené od roku 1981. Ťažba soli bola celkom ukončená v roku 1990. Verejnosti bola baňa sprístupnená v roku 1995. V roku 2008 ju navštívilo 140-tisíc návštevníkov.