Pôvodne stála na jej mieste jedna z brán staromestskéhoopevnenia, označovaná U sv. Ambroža, ktorú neskôr vystriedala brána Horská. Jej názov nemal nič spoločné s horami – nazývala sa tak podľa toho, že z nej vychádzala dôležitá cesta na Kutnú Horu. Potom, čo staromestské hradby stratili založením Nového Města svoj význam a prestali byť udržiavané, spustla Horská brána natoľko, že sa jej začalo hovoriť Odraná. Staromestskí konšeli si uvedomovali, že polorozpadnutá stavba robí mestu hanbu o to viac, že v jej blízkosti stál Kráľov dvor, sídlo mladého Vladislava Jagelovského. Rozhodli sa ju zbúrať a na jej mieste postaviť novú, ktorá by viac než zárukou bezpečnosti bola dôstojnou vizitkou Starého Mesta tak ako na opačnom konci Staromestská mostná veža.
Jej výstavba začala v roku 1475 pod vedením murárskeho majstra Václava. Ten však na takto náročnú úlohu podľa mienky konšelov nestačil, a tak ho čoskoro nahradil Matěj Rejsek z Prostějova. Brána, pôvodne nazývaná Nová, bola založená takmer deväť metrov pod úrovňou dnešného terénu a bola vysoká 42 metrov. Stavba však zostala nedokončená, pretože po presťahovaní kráľa Vladislava na Pražský hrad v roku 1483 stratili Staromešťania o jej dostavbu záujem. Preto bola asi len provizórne zastrešená. Postupne stratila akúkoľvek funkciu a dokonca sa uvažovalo o jej zbúraní. Asi od polovice 18. storočia slúžila ako sklad strelného prachu; preto sa jej začalo hovoriť Prašná. Pri pruskom obliehaní Prahy v roku 1757 značne utrpela a v roku 1799 bola zbavená svojej poškodenej výzdoby.
Dnešný výzor získala až za pseudogotickej puristickej úpravy v rokoch 1878–1886 pod vedením architektaJosefa Mockera. Ako predloha slúžila podoba Staromestskej mostnej veže. Mocker dal zhotoviť novú dlátkovú strechu s rožnými vežicami a ochodzou a odstrániť hodiny zo začiatku 19. storočia. Dielom jeho prestavby je i sieťová klenba v prejazde, rovnako ako plastická výzdoba brány, ktorá doplnila zvyšky pôvodnej Rejskovej výzdoby.
Súčasnosť
Dnes je Prašná brána vysoká 65 metrov, vyhliadkový priestor je vo výške 44 metrov a vedie naň 186 schodov. Brána je prístupná verejnosti a jej majiteľom je Hlavné mesto Praha. Vo vnútorných priestoroch je od roku 2007 umiestnená výstava Kráľov dvor - život v stredovekej Prahe. Usporadúvajú sa tu aj výstavy fotografií.
