Podprefektúra je v niektorých štátoch územná správna jednotka, alebo úrad v rámci vyššieho celku (prefektúra, provincia, alebo obce). Názov môže byť prenesene použitý i na mesto, alebo samotnú budovu v ktorej daný správny orgán sídli.
Francúzsko
Vo Francúzsku znamená podprefektúra (fr.sous-préfecture) podriadený správny orgán v rámci departementu a regiónu a jeho územný rozsah zodpovedá obvodu (arrondissementu). V jeho čele stojí podprefekt (fr. sous-préfet). Chef-lieu departementu nemá podprefektúru, tu územie spravuje priamo prefekt.
Brazília
V Brazílii je podprefektúra (portugalskysubprefeitura) podriadená správna jednotka vo väčších mestách, napr. São Paulo, alebo Rio de Janeiro. Podprefekt (subprefeito) je spravidla menovaný prefektom, t. j. starostom.