Open Tree of Life je online fylogenetickýstrom života – spoločné úsilie financované National Science Foundation.[2][3] Prvý návrh, vrátane 2,3 milióna druhov, bol vydaný v septembri 2015.[4] Interaktívny graf umožňuje používateľovi priblížiť si taxonomické klasifikácie, fylogenetické stromy a informácie o uzle. Kliknutím na druh sa vráti jeho zdroj a referenčná taxonómia.
Projekt využíva Supertree prístup na vygenerovanie jediného fylogenetického stromu (poskytovaného na tree.opentreeoflife.org[5]) z komplexnej taxonómie a upraveného súboru publikovaných fylogenetických odhadov.
Taxonómia je kombináciou niekoľkých veľkých klasifikácií vytvorených inými projektmi; vytvára sa pomocou softvérového nástroja s názvom „smasher“.[6] Výsledná taxonómia sa nazýva taxonómia otvoreného stromu (OTT) a možno ju prehľadávať online.[7]
Dejiny
Projekt sa začal v júni 2012 trojročným ocenením NSF výskumníkom na desiatich univerzitách. V roku 2015 bolo udelené dvojročné doplnkové ocenenie výskumníkom na troch inštitúciách.
↑HINCHLIFF CE, SMITH SA, ALLMAN JF, BURLEIGH JG, CHAUDHARY R, COGHILL LM, CRANDALL KA, DENG J, DREW BT, GAZIS R, GUDE K, HIBBETT DS, KATZ LA, LAUGHINGHOUSE HD, MCTAVISH EJ, MIDFORD PE, OWEN CL, REE RH, REES JA, SOLTIS DE, WILLIAMS T, CRANSTON KA. Synthesis of phylogeny and taxonomy into a comprehensive tree of life. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, October 2015, roč. 112, čís. 41, s. 12764–9. DOI: 10.1073/pnas.1423041112.
↑Assembling, Visualizing, and Analyzing the Tree of Life [online]. National Science Foundation (NSF). Dostupné online.
↑PENNISI, Elizabeth. First comprehensive tree of life shows how related you are to millions of species [online]. Science Magazine: 21 September 2015. Dostupné online.
↑REES, JA; CRANSTON, K. Automated assembly of a reference taxonomy for phylogenetic data synthesis. Biodiversity Data Journal, 2017, roč. 5, čís. 5, s. e12581. DOI: 10.3897/BDJ.5.e12581.
