Svoju profesionálnu kariéru začal v maďarskom tíme Győri ETO FC, kde patril medzi opory. Jeho výkony si všimli zástupcovia portugalského veľkoklubu FC Porto a priviedli ho do klubu. Počas pôsobenia v tomto klube ho dvakrát poslali na hosťovanie; do klubov SC Salgueiros a potom do tímu Sporting Braga. V roku 2002 prestúpil do konkurenčného tímu S.L. Benfica
Smrť
Dňa 25. januára 2004 odohral svoje posledné stretnutie. Zomrel na následky zástavy srdca počas futbalového zápasu medzi Benfikou Lisabon a Guimarãesom. Fehér v tomto stretnutí nastúpil ako striedajúci hráč, ale pol hodiny pred koncom bol poslaný na ihrisko, aby ako útočiaci hráč urobil niečo s doterajším skóre 0:0. S príchodom Miklósa sa hra Benfica zlepšila a hráči dokázali streliť gól. Fehér potom dostal žltú kartu kvôli búrlivým oslavám gólu, pousmial sa na rozhodcu až sa naraz naklonil dopredu, zdanlivo v bolestiach a spadol na zem. Bol prevezený záchranou službou do nemocnice, ale nepodarilo sa ho doviezť včas. Zomrel desať minút pred polnocou.
Vyznamenania, uznania, pamätníky
Tím Benficy Lisabon po jeho smrti navždy vyradil č. 29, ktoré používal v tomto mužstve. Jeho smrť vyvolala mnoho spomienkových
akcií a taktiež veľký šok pre celý portugalský šport.
